De eerste tekenen van een orgel dateren uit het jaar 1508. Zo’n 50 jaar later moet dit orgel twee klavieren en dertien stemmen hebben gehad. In het begin van de 17e eeuw werd dit orgel gerestaureerd, waarna het door Jan Pieterszoon Sweelinck werd gekeurd. Het orgel werd in 1723 en 1727 opnieuw grondig onder handen genomen; verplaatst naar de torenzijde, aanzienlijk uitgebreid en het front werd versierd met snij- en schilderwerk. Het orgel bezat na deze restauratie twee klavieren en vrij pedaal, 26 stemmen en 6 blaasbalgen. De laatste restauratie vond plaats in 1771. Toen in 1797 de toren van de kerk instortte werd het orgel bedolven onder het puin.

Het duurde lang voor men overging tot plaatsing van een nieuw orgel. Pas in 1824 werd een orgelcommissie gevormd. Deze commissie gaf in 1825 aan de Gebr. Bätz te Utrecht opdracht tot de bouw van een nieuw orgel. Op 28 januari 1827, precies 30 jaar na het instorten van de toren werd het nieuwe orgel ingewijd. Dit orgel bezat 23 stemmen, verdeeld over twee klavieren en aangehangen pedaal. Vier balgen zorgden voor de windtoevoer. De totale kosten van dit orgel bedroegen ƒ10.679,91.

Zoals zo veel historische orgels ontkwam ook het Harderwijker instrument niet aan ingrepen ten gevolge van ‘nieuwe’ inzichten in de orgelbouw rond de eeuwwisseling. In 1891 werd het orgel gerestaureerd en werden ingrijpende wijzigingen doorgevoerd. Een Violoncel 8 vt verving de Quint en in de plaats van de Mixtuur op het rugwerk kwam een Prestant 8 vt. Een twintigtal jaren later werd e.e.a. nog eens dunnetjes overgedaan: de Flageolet op het rugwerk en de Sexquialter op het hoofdwerk werden vervangen door respectievelijk een Vox Celeste en een Meloophone.

In 1953 werd opnieuw een restauratie uitgevoerd, waarbij de oorspronkelijke dispositie grotendeels werd hersteld. Op het Hoofdwerk keerden Quint en Sexquialter terug en op het Rugwerk werden Prestant 8 vt, Viola di Gamba (uit 1891) en Vox Celeste vervangen door Tertiaan 3 st., Scherp 3 – 6 st. en Superoctaaf 2 vt. De windladen werden gereviseerd en onder elke lade kwam een schokbalg. Ook de intonatie werd veranderd en meer passend gemaakt bij de oorspronkelijke stijl.

In 1967 begon een omvangrijke restauratie van de kerk. Deze restauratie zou in totaal dertien jaar duren. Zowel kerk als orgel bleven het grootste gedeelte van die tijd in gebruik. De laatste jaren van de kerkrestauratie werd het orgel gedemonteerd en grondig hersteld. Hiervoor waren twee belangrijke redenen: enerzijds de slechte staat van de windladen, anderzijds de onbevredigende klank van het orgel, vooral van het rugwerk, de tongwerken en van de in 1953 geplaatste registers. Deze laatste restauratie werd uitgevoerd door de fa. Flentrop uit Zaandam. De dispositie van het Bätz-orgel werd volledig hersteld en de in 1953 aangebrachte registers werden vernieuwd. Ook vond een grondig herstel van de windladen en de vier (oorspronkelijke) balgen plaats; de schokbalgen uit 1953 werden verwijderd. Om het gemis aan een vrij pedaal enigszins op te vangen werden de registers Bourdon 16 vt en Fagot 16 vt bas in twee fasen ingedeeld zodat men in staat is het onderste octaaf apart te laten klinken. Tenslotte werd het orgel opnieuw geïntoneerd, waarbij de oorspronkelijke Bätz-klank werd hersteld. De restauratie werd voltooid op 1 april 1981, waarna het orgel opnieuw in gebruik werd genomen.

Dispositie
manuaalomvang C-f3
pedaalomvang C-d1